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Oggetto:
Oggetto:

I. MICROBIOLOGIA SPECIALE E TECNICHE DIAGNOSTICHE (D.M. 270/04)

Oggetto:

MICROBIOLOGY AND DIAGNOSTIC TECHNIQUES

Oggetto:

Anno accademico 2022/2023

Codice attività didattica
MED 2885
Docenti
Prof. Giuliana Banche (Docente Responsabile del Corso Integrato)
Dott. Matteo Biolatti (Docente Titolare dell'insegnamento)
Dott. Antonio Insana (Docente Titolare dell'insegnamento)
Dott.ssa Manuela Sorba (Docente Titolare dell'insegnamento)
Corso di studio
[f070-c711] TECNICHE DI LABORATORIO BIOMEDICO (ABILITANTE ALLA PROFESSIONE SANITARIA DI TECNICO DI LABORATORIO BIOMEDICO)
Anno
3° anno
Periodo
Da definire
Tipologia
Caratterizzante
Crediti/Valenza
8
SSD attività didattica
MED/07 - microbiologia e microbiologia clinica
Erogazione
A distanza
Lingua
Italiano
Frequenza
Obbligatoria
Tipologia esame
Scritto ed orale
Prerequisiti
Insegnamenti 1° - 2° anno
Oggetto:

Sommario insegnamento

Oggetto:

Obiettivi formativi

Al termine del corso gli studenti avranno acquisito le conoscenze relative alla patogenesi delle principali malattie infettive con il relativo approfondimento delle caratteristiche morfologiche e di virulenza dei più importanti microrganismi patogeni (batteri, miceti, virus e parassiti). A corso terminato gli studenti avranno infine acquisito conoscenze sulla diagnosi di laboratorio (manuale ed automatizzata), sulla profilassi e sui principi di terapia delle malattie ad eziologia batterica, fungina, virale e parassitaria.

At the end of the course, students will have acquired knowledge about the epidemiology and pathogenesis of the major infectious diseases with the study of virulence characteristics of the most important pathogenic microorganisms (bacteria, fungi, virus and parasites). Finally, students will have acquired knowledge about laboratory diagnosis, prophylaxis and treatment of bacterial, fungal, viral and parasitic diseases.

Oggetto:

Risultati dell'apprendimento attesi

a. Conoscenza e capacità di comprensione

Lo studente dovrà:

  • Descrivere le caratteristiche morfologiche e metaboliche di ciascun microrganismo (batterio, virus, fungo, parassita) responsabile di malattie ad eziologia microbica.
  • Mettere a confronto le similitudini e/o differenze di eziopatogenesi (modalità di trasmissione, epidemiologia e controllo mediante profilassi e terapia) delle malattie infettive.
  • Apprendere i differenti principi strumentali diagnostici utilizzati all’interno dei laboratori di microbiologia ad elevata automazione.
  • Individuare ed analizzare i dati epidemiologici riportati in letteratura

b. Capacità di applicare conoscenza e comprensione

Lo studente dovrà:

  • Applicare le conoscenze acquisite per poter formulare una ipotesi di avvenuta infezione microbica e per istruire terzi sulla prevenzione da adottare per evitare la trasmissione delle infezioni.

c. Autonomia nella produzione intellettuale e nel giudizio critico

Lo studente dovrà:

  • Essere in grado di scegliere un metodo diagnostico diretto adeguato per l’analisi microbiologia di una infezione ad eziologia microbica.
  • Sapere riconoscere quale possano essere le misure di prevenzione adeguate per evitare la trasmissione dell’infezione.
  • Sapere individuare l’approccio terapeutico adatto al trattamento dell’infezione.
  • Sapere scegliere lo strumento diagnostico adatto all’identificazione e alla valutazione del profilo di sensibilità o resistenza agli antibiotici
  • Mantenersi aggiornato sulla materia mediante consultazione di fonti e banche dati accreditate che trattino della specifica materia e che riportino casi di infezione recenti e dati epidemiologici.

d. Abilità comunicative

Lo studente dovrà:

  • saper utilizzare un lessico specialistico per l’esposizione critica di problemi e soluzioni a interlocutori specialisti e non specialisti.

e. Capacità di apprendimento

Lo studente dovrà:

  • Raccogliere, confrontare e analizzare dati della letteratura scientifica.

 

 

a. Knowledge and understanding

The student will:

  • Describe the morphological and metabolic characteristics of each microorganism (bacterium, virus, fungus, parasite) responsible for diseases with microbial etiology.
  • To compare the similarities and / or differences of etiopathogenesis (modality of transmission, epidemiology and control through prophylaxis and therapy) of infectious diseases.
  • Learn the different diagnostic instrumental principles provided within highly automated microbiology laboratories.
  • Identify and analyze the epidemiological data recorded in the literature

b. Ability to apply knowledge and understanding

The student will:

  • Apply the acquisition in order to formulate a hypothesis of microbial infection and to instruct third parties on the prevention to avoid the infection transmission.

c. Autonomy in intellectual production and critical judgment

The student will:

  • Being able to choose a suitable direct diagnostic method for the microbiological analysis of an infection with microbial etiology.
  • Knowing how to recognize the appropriate preventive measures to avoid transmission of the infection.
  • Knowing how to identify the appropriate therapeutic approach to treating the infection.
  • Knowing how to choose the diagnostic tool suitable for identification and for assessing the sensitivity or resistance profile to antibiotics
  • Keep up to date on the matter by consulting sources and databases to accredit which indent of the specific matter and which reports recent cases of infection and epidemiological data.

d. Communication skills

The student will:

  • know how to use a specialized lexicon for the critical exposure of problems and solutions to specialist and non-specialist interlocutors.

e. Learning skills

The student will:

  • Collect, compare and analyze data from the scientific literature.

 

Oggetto:

Programma

Virologia  generale e speciale

  • Caratteristiche generali dei virus (struttura, morfologia, classificazione)
  • Replicazione virale
  • Patogenesi virale
  • Vaccini
  • Diagnostica virologica
  • Patogenesi, manifestazioni cliniche, diagnostica virologica delle infezioni causate da:
    • virus a DNA (Poxvìridae, Herpesviridae, Adenoviridae, Polyomaviridae, Papillomaviridae, Hepadnaviridae, Parvoviridae)
    • virus a RNA (Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Rhahdoviridae, Retroviridae, Picornaviridae, Reoviridae, Togaviridae, Flaviviridae, Arenaviridae, Coronaviridae, Caliciviridae, Astroviridae, Filoviridae, Bunyaviridae).

Microbiologia speciale

Batteri Gram-positivi: Genere Staphylococcus:morfologia, caratteristiche colturali, fattori di virulenza (esotossine e esoenzimi). S. aureus e S. epidermidis: quadri clinici, diagnosi; resistenza agli antibiotici. Genere Streptococcus:morfologia, classificazione, esotossine, esoenzimi. S. pyogenes, S. agalactiae, streptococchi orali, enterococchi, S. pneumoniae:patogenesi e diagnosi. Corynebacterium spp(C. diphteriae):caratteristiche, patologia, diagnosi, profilassi e terapia. Listeria monocytogenes: caratteristiche, coltivazione, patogenesi, quadri clinici e diagnosi.

Batteri Gram-positivi sporigeni: Genere Bacillus (B. anthracis, B. cereus): morfologia, identificazione, patogenesi, profilassi e terapia.Genere Clostridium (C. tetani, C. botulinum, C. perfringens, C. difficile): morfologia, identificazione, quadri clinici, diagnosi, terapia e profilassi.

Batteri Gram-negativi: Enterobacteriaceae (E. coli, Klebsiella spp., Proteus spp., Salmonella spp., Shigella spp,.Yersinia spp.):morfologia, classificazione, quadri clinici e relativa diagnosi. Vibrioni (Vibrio cholerae): caratteristiche, identificazione, enterotossina, patogenesi, diagnosi e terapia. Pseudomonas aeruginosa: quadri clinici e diagnosi. Neisserie spp (N. gonorrhoeae, N. meningitidis): caratteristiche morfologiche e colturali, patogenesi, quadri clinici, diagnosi differenziale. Haemophilus spp. (H. influenzae, H. parainfluenzae, H. ducrey):caratteristiche, identificazione e manifestazioni cliniche. Bordetella spp. (B. pertussis), Brucella spp., Legionella spp.:quadri clinici e diagnosi. Campylobacter spp., Helicobacter pylori:caratteristiche, patogenesi e diagnosi.

Micobatteri: morfologia, tassonomia. M. tuberculosis:caratteristiche tintoriali e colturali, patogenesi, diagnosi e terapia. M. leprae: caratteristiche, quadri clinici e diagnosi.

Micoplasmi:caratteristiche morfologiche e colturali. Mycoplasma pneumoniae, M. genitalium, M. hominis, Ureaplasma spp: quadri clinici e diagnosi.

Spirochete  (generi Treponema, Borrelia e Leptospira): caratteristiche principali, quadri clinici causati dalle specie patogene, diagnosi batteriologica e sierologia, terapia.

Clamidie:caratteristiche, quadri clinici causati daC. trachomatis, C. psittaci, C. pneumoniae e relativa diagnosi.

Miceti: caratteristiche dei lieviti e funghi filamentosi. Micosi cutanee, sottocutanee e micosi sistemiche. Micosi opportunistiche. Candida albicans: caratteristiche principali, relativiquadri clinici e diagnosi. Dermatofiti: caratteristiche, manifestazioni cliniche e diagnosi. Aspergilli: caratteristiche, quadri clinici e diagnosi.

Parassitologia e malattie infettive

Parassitologia Generale/Parassitologia Speciale: Epidemiologia, Ciclo Biologico, Morfologia e Tecniche Diagnostiche di:

Protozoi: amebe, flagellati, ciliati, coccidi, sporozoi

Entamoeba hystolitica/dispar, Entamoeba coli, Iodamoeba butschlii, Endolimax nana, Naegleria, Acanthamoeba, Blastocystis hominis, Giardia lamblia, Balantidium coli, Isospora belli, Cyclosposa cayetanensis, cryptosporidium parvum, microsporidi, Trichomonas vaginalis, Toxoplasma gondii, Plasmodi (falciparum, vivax, ovale, malariae), Babesia,  Leishmanie,(donovani, infamtum, tropica), Tripanosomi (gambiense, rhodesiense, cruzi)

ELMINTI:       PLATELMINTI CESTODI  Taenai saginata, Taenia solium, (Teniosi, Cisticercosi)  Diphillobotrium latum, Echinococcus granulosus, Hymenolepis nana, Hymenolopis diminuta

PLATELMINTI TREMATODI Schistosoma mansoni, Schistosoma japonicum, Schistosoma haematobium Fasciola epatica, Fasciolopsis buski, Clonorchis sinensis, Paragonimus westermani

NEMATODI Ascaris lumbricoides Trichuris trichiura, Enterobius vermicularis Trichinella spiralis, Strongyloides stercoralis, Ancylostoma duodenalis / Necator americanus, Toxocara canis, Wucherereria bancrofti Brugia malaii Loa loa Mansonella ozzardi Onchocerca volvulus, Dracunculus medinensis, Dirofilaria

ARTROPODI

Pidocchi Pediculus humanus capitis, corporis, Phthirus pubis

Pulci, Zecche: Argasidae, Ixodidae Sarcoptes scabiaei, Demodex folliculorum, Dermanyssus gallinae

Scienze tecniche: microbiologia diagnostica

-Funzione del laboratorio di microbiologia

-Caratteristiche del rapporto ospite-parassita :esempi di colonizzazione, adesione, invasione e disseminazione.

-Sangue :  batteriemia,  sepsi (SIRS), sepsi severa, shock settico. Ruolo dell’emocolture, brodi di coltura e dosaggio PCT.

-Strumenti per emocolture: differenti principi analitici delle  apparecchiature attualmente in commercio ( sistemi : fluorimetrico, colorimetrico, radiometrico, impedenziometrico).

-Indagini microbiologiche su punte di catetere.

-Identificazioni batteriche attraverso i sistemi “Multipli”(tipo API) e lettore per sistemi a “galleria”.

-Enterotube.

-Cenni alla tecnica di semina : isolamento miceti e batteri.

-Ruolo del laboratorio di microbiologia nelle indagini per Fibrosi Cistica.

-Antibiogramma manuale :   Kirby-Bauer

-ETEST

-Presentazione dei concetti base dell’utilizzo dei valori soglia Breakpoint, valori di ECOFF,

-Wilde Type secondo sistema EUCAST ( interpretazione ATB).

-Infezioni nosocomiali : principali localizzazioni delle infezioni e microrganismi responsabili (iter diagnostico dalla raccolta alla refertazione del campione).

-Sistemi ad Automazione variabile e completa : esempi di strumentazione attualmente in uso e funzioni di ciascun modulo .

-Principi di lettura in automazione : fotometria-fluorimetria.

-Esempi di antibiogramma ed antimicogramma secondo i sistemi automatizzati.

-Letture di MIC turbidimetrica nelle diverse apparecchiature.

-Funzione dei software “dedicati” a strumenti ad automazione completa.

-Test automatizzati per la diagnosi rapida delle batteriurie.

-Spettrometria di massa: procedimento, Target plate, disgregazione, ionizzazione, desorbimento campione.

VIROLOGY:

  • General properties of viruses (structure, morphology, classification)
  • Viral replication
  • Viral pathogenesis
  • Vaccines
  • Diagnostic virology
  • Pathogenesis, clinical signs, and virological diagnosis of the infections caused by:
    • DNA viruses (Poxvìridae, Herpesviridae, Adenoviridae, Polyomaviridae, Papillomaviridae, Hepadnaviridae, Parvoviridae)
    • RNA viruses (Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Rhahdoviridae, Retroviridae, Picornaviridae, Reoviridae, Togaviridae, Flaviviridae, Arenaviridae, Coronaviridae, Caliciviridae, Astroviridae, Filoviridae, Bunyaviridae).

MICROBIOLOGY. description of the order, taxonomy, clinical diseases, bacteriological and serological diagnosis, therapy of:Gram-positive bacteria: Staphylococcus: S. aureus, S. epidermidis. Streptococcus: S. pyogenes, S. agalactiae, oral streptococci, enterococci, S. pneumoniae. Corynebacterium (C. diphteriae). Listeria monocytogenes. Spore-forming Gram-positive bacteria: Bacillus:B. anthracis, B. cereus. Clostridium: C. tetani, C. botulinum, C. perfringens, C. difficile. Gram-negative bacteria: Enterobacteriaceae: E. coli, Klebsiella spp., Proteus spp., Salmonella spp., Shigella spp,, Yersinia spp.. Vibrio: Vibrio cholerae. Pseudomonas aeruginosa. Neisseria: N. gonorrhoeae, N. meningitidis. Haemophilus: H. influenzae, H. parainfluenzae and H. ducrey. Bordetella, Brucella, Legionella: Campylobacter: C. jejuni, C. coli. Helicobacter pylori. Mycobacteria: M. tuberculosis and M. leprae. Mycoplasmas and Ureaplasmas:M. pneumoniae, M. genitalium, M. hominis. U. urealyticum. Spirochetales(Treponema, Borrelia and Leptospira).  Chlamydia: C. trachomatis, C. psittaci, C. pneumoniae.

Mycetes: Candida albicans, dermatophytes and aspergilli.

PARASITOLOGY AND INFECTIUOS DISEASES: general parasitology, special parasitology: epidemiology, life cycle,  morphology and diagnostic methods. protozoa:  amoeba, flagellati, ciliati, coccidi, sporozoa: Entamoeba hystolitica/dispar, Entamoeba coli, Iodamoeba butschlii, Endolimax nana, Naegleria, Acanthamoeba, Blastocystis hominis, Giardia lamblia, Balantidium coli, Isospora belli, Cyclosposa cayetanensis, cryptosporidium parvum, microsporidi, Trichomonas vaginalis, Toxoplasma gondii, Plasmodi (falciparum, vivax, ovale, malariae), Babesia,  Leishmanie,(donovani, infamtum, tropica), Tripanosomi (gambiense, rhodesiense, cruzi). Helminths:    plathelminthes cestoidean: Taenia saginata, Taenia solium, (Teniosi, Cisticercosi)  Diphillobotrium latum, Echinococcus granulosus, Hymenolepis nana, Hymenolopis diminuta. Plathelminthes trematoda Schistosoma mansoni, Schistosoma japonicum, Schistosoma haematobium Fasciola epatica, Fasciolopsis buski, Clonorchis sinensis, Paragonimus westermani.  Nematoda: Ascaris lumbricoides Trichuris trichiura, Enterobius vermicularis Trichinella spiralis, Strongyloides stercoralis, Ancylostoma duodenalis / Necator americanus, Toxocara canis, Wucherereria bancrofti Brugia malaii Loa loa Mansonella ozzardi Onchocerca volvulus, Dracunculus medinensis, Dirofilaria. Arthropods: Pediculus humanus capitis, corporis, Phthirus pubis. Pulex. Ticks: Argasidae, Ixodidae Sarcoptes scabiaei, Demodex folliculorum, Dermanyssus gallinae

DIAGNOSTIC MICROBIOLOGY

- Function of the microbiology laboratory
- Characteristics of the host-parasite relationship: examples of colonization, adhesion, invasion, and dissemination.
- Blood : bacteremia, sepsis (SIRS ), severe sepsis, septic shock . Role of blood culture, culture broths and PCT dosage.
- Blood culture tools: different analytical principles of the equipment currently on the market .
- Microbiological investigations of catheter tips.
- Bacterial identification using the "Multiples" (type API ) system  and "gallery" systems reader.
- Enterotube.
- Technique of sowing: the isolation of fungi and bacteria.
- Role of the microbiology lab in the investigation for Cystic Fibrosis.
- Manual antibiogram: Kirby -Bauer
- ETEST
- Presentation of the conceptsabout the use of the threshold Breakpoint values, ECOFF values, the        Wilde Type according to EUCAST (ATB interpretation).
- Nosocomial infections : main localization of infections and causative organisms (diagnostic process from collection to publication of the results) .
- Systems of variable and complete automation: examples of instrumentation currently in use and functions of each module.
- Principles of fluorescence - photometric - radiometric reading.
- Examples of antibiogram and antifungal sensibility test according to automated systems.
- MIC turbidimetric readings in different equipment .

- Function of software "dedicated" to complete automation tools.
- Automated testing for the rapid diagnosis of bacteriuria

-Mass spectrometry : procedure- MALDI-TOF (matrix assisted laser desorption/ionization-time of fligt mass spectrometry)

Oggetto:

Modalità di insegnamento

L’Insegnamento si articola in quattro moduli:

Virologia  generale e speciale: prevede 36 ore di lezione (3 CFU)

Microbiologia speciale: prevede 24 ore di lezione (2 CFU)

Parassitologia e malattie infettive:prevede 12 ore di lezione (1 CFU)

Scienze tecniche: microbiologia diagnostica: prevede 24 ore di lezione (2 CFU)

La modalità di insegnamento sarà "didattica a distanza" nel caso venga mantenuta l'emergenza Covid-19 (non in presenza)

The course is divided in:

Virology: 36 hours (3 credits)

Microbiology: 24 hours (2 credits)

Parasitology and Infectious Diseases: 12 hours (1 credit)

Diagnostic Microbiology: 24 hours (2 credits)

TOTAL: 96 hours, lessons are supported by slides and videos.

Oggetto:

Modalità di verifica dell'apprendimento

Virologia Generale e Speciale: Orale, 2 domande (1 Virologia Generale e Diagnostica, 1 Virologia Speciale)

Microbiologia Speciale: Orale, 2 domande

Scienze Tecniche: Microbiologia Diagnostica: Scritto, 5 domande aperte

Parassitologia e Malattie Infettive: Scritto, 40 domande a scelta multipla (0,5 punti per ogni domanda corretta, 5 risposte errate -1 punto) e 2 domande aperte (5 punti caduna).

Voto finale espresso in trentesimi come media ponderata rispetto ai CFU dei 4 moduli.

Gli esami saranno svolti in modalità telematica nel caso venga mantenuta l'emergenza Covid-19 (non in presenza).

 

Virology: Oral examination, 2 questions (1 about General Virology, 1 about Medical and Diagnostic Virology.

Microbiology: Oral examination, 2 questions

Diagnostic Microbiology: Written examination, 5 questions.

Parasitology: Written examination, 40 multiple choice questions (0.5/answer; 5 wrong answers = -5) plus 2 questions (5/question).

Final evaluation: Weighted Average according to credits/single course. Grades expressed as x/30

Testi consigliati e bibliografia

Oggetto:

Virologia  generale e speciale

  • Antonelli, M. Clementi - Principi di virologia medica - Ed. CEA
  • Slides delle lezioni presentate agli studenti

Microbiologia speciale

Cevenini R., Sembri V. - Microbiologia e microbiologia clinica, PICCIN

Eudes Lanciotti - Microbiologia clinica - Casa Editrice Ambrosiana

La Placa - Principi di Microbiologia medica _ Società editrice Esculapio

Parassitologia e malattie infettive

Ivo De Carneri: parassitologia generale e umana   Casa editrice ambrosiana  Milano

Siti internet:

http://www.k-state.edu/parasitology/546tutorials/titlepage.html

http://www.k-state.edu/parasitology/625tutorials/index.html

http://www.cdfound.to.it/html/atlas.htm

Scienze tecniche: microbiologia diagnostica

Manuali strumentali forniti dalle Ditte delle singole apparecchiature illustrate a lezione.

-Bugiardini e brochure allegati ai materiali di consumo degli strumenti presentati nelle singole lezioni.

-“Medicina di Laboratorio-Principi di tecnologia –Microbiologia Clinica” di A.Burlina.

-“Diagnostica e Tecniche di Laboratorio” (Batteriologia) di F.Pasquinelli

-“Microbiologia clinica” di Roberto Cevenini-PICCIN-seconda edizione2010

-“Test Atlante di Microbiologia Diagnostica”-Elmer W.Koneman- Delfino editore- seconda edizione

VIROLOGY:

  • Antonelli, M. Clementi - Principi di virologia medica - Ed. CEA

MICROBIOLOGY:

Cevenini R., Sembri V. - Microbiologia e microbiologia clinica, PICCIN

Eudes Lanciotti - Microbiologia clinica - Casa Editrice Ambrosiana

La Placa - Principi di Microbiologia medica _ Società editrice Esculapio

PARASITOLOGY: Ivo De Carneri:  parassitologia generale e umana   Casa editrice ambrosiana  Milano

Siti internet  http://www.k-state.edu/parasitology/546tutorials/titlepage.html

                    http://www.k-state.edu/parasitology/625tutorials/index.html

                                http://www.cdfound.to.it/html/atlas.htm

DIAGNOSTIC MICROBIOLOGY:

Instrumental manuals provided by the companies of the single equipment described in class.
- Leaftlet and brochure attached to consumables of the tools presented in individual lessons .
- " Laboratory Medicine - Principles of Technology- Clinical Microbiology " - A.Burlina .
- "Diagnostics and Laboratory Techniques " ( Bacteriology ) -  F.Pasquinelli
- " Clinical Microbiology " - Roberto Cevenini - PICCIN - second edition 2010
- "Test Atlas of Diagnostic Microbiology " - Elmer W.Koneman – Delfino Publisher - second edition



Oggetto:

Note

1° SEMESTRE

Le modalità di svolgimento dell'attività didattica potranno subire variazioni in base alle limitazioni imposte dalla crisi sanitaria in corso. In ogni caso è assicurata la modalità a distanza per tutto l'anno accademico

Oggetto:

Moduli didattici

Registrazione
  • Aperta
    Apertura registrazione
    01/03/2020 alle ore 00:00
    Chiusura registrazione
    31/12/2022 alle ore 23:55
    Oggetto:
    Ultimo aggiornamento: 20/10/2021 17:48